Aşezată la poalele Muntelui Sinai, Mănăstirea „Sfânta Ecaterina” se înalţă chiar pe locul de unde Dumnezeu i-a vorbit lui Moise dintr-un rug cuprins de o flacără nepământeană, în același loc de unde Sfântul Proroc a pornit pentru a se ruga lui Dumnezeu și a primit Tablele Legii cu cele zece porunci.
Fugind din calea prigoanelor din Imperiul Roman, mulți dintre creștinii primelor veacuri au găsit adăpost pe Muntele Sinai, iar din secolul al III-lea în locurile sfinte din jurul Muntelui Horeb și din sudul Sinaiului s-au creat mici comunități monahale.
În anul 330, Sfânta Elena a construit în locul Rugului Aprins o mică biserică închinată Născătoarei de Dumnezeu și un foișor care să servească ca adăpost pentru monahi.
În secolul al IV-lea, pelerina occidentală Egeria consemna faptul că Rugul la care se închinase Moise încă exista, fiind cinstit de către credincioşi, dar menţiona şi existența, în Sinai, a unei comunități monahale semnificative și înfloritoare.
O etapă importantă în istoria acestui loc sfânt începe în secolul al VI-lea, când împăratul Iustinian (527-565) a ordonat construirea unei cetăți mari și puternice, care să împrejmuiască construcțiile Sfintei Elena, adică biserica mare și chiliile pentru monahi. Ctitoria Sfântului Împărat Iustinian a fost numită iniţial „Sfânta Mănăstire Împărătească de pe Muntele Sinai, unde a păşit Dumnezeu”. Pentru a-i apăra pe călugări de repetatele raiduri ale triburilor arabe, împăratul a adus aici câteva detaşamente de soldaţi valahi, ca să apere lavra. Aşa se face că, timp de sute de ani, strămoșii noştri şi-au adus o contribuţie importantă la protejarea mănăstirii.
După cucerirea peninsulei Sinai de către arabi în anul 641, mănăstirea și-a continuat netulburată existența, după ce Mohamed a semnat celebrul Ahtiname, prin care musulmanii au datoria de a-i apăra pe monahi și de a nu le percepe taxe.
Timp de câteva secole, Mănăstirea „Sfânta Ecaterina” a fost un puternic centru de pelerinaj pentru creştinii dornici să se închine la moaştele Sfintei Muceniţe Ecaterina. După o perioadă dificilă de ocupaţie mamelucă, a urmat cucerirea Egiptului și a Sinaiului de către otomani, în anul 1517. Noii stăpânitori au respectat drepturile mănăstirii.
Când Napoleon a cucerit Egiptul (1797-1804), a luat mănăstirea sub protecția sa și a reconstruit peretele de nord al acesteia, care se prăbușise în anul 1798 în urma unor ploi torențiale.
La începutul secolului al XX-lea, Sinaiul devenise o destinație greu accesibilă, încât pe la marea lavră nu treceau mai mult de o sută de pelerini anual. Din 1950, statul egiptean a iniţiat un amplu proces de consolidare a infrastructurii. Datorită noilor drumuri, pelerinii au început să vină în număr tot mai mare pentru a se închina Sfintei Ecaterina. Astăzi, chiar și o mie de vizitatori trec zilnic pragul mănăstirii. Pentru aceştia s-a amenajat un arhondaric care oferă toate condiţiile pentru cazarea pelerinilor şi o trapeză specială pentru ei.
Mănăstirea „Sfânta Ecaterina” este deschisă de luni până sâmbătă, doar între orele 9.00-12.00. Duminica, mănăstirea este închisă pe toată perioada zilei.
În prezent, în mănăstire se nevoiesc 25 de monahi de mai multe naționalități, iar slujbele se oficiază în greaca bizantină.
